Jak dotąd nie udało się jeszcze opracować skutecznego środka pozwalającego wyleczyć infekcję wirusem HPV. Można natomiast leczyć spowodowane przez niego zmiany np. brodawki narządów płciowych, stany przedrakowe czy też wczesne formy raka szyjki macicy, prącia, pochwy, sromu czy odbytu. W przypadku leczenia zakażenia wirusem brodawczaka ludzkiego bardzo ważna jest wczesna diagnoza.